LBSALE[1000]LBSALE在第二次银河系大扩张期间，一支派往Seraphim II行星的探险队和地球失去了联系，随后派出的第二只探险队也没有再和地球联系。于是地球将Seraphim II行星所在区域列为危险区域，准备待殖民中心有足够的力量时再进行进一步的调查。
地球不知道的是，外星生命还是被发现了。探险队的指挥官对如何处理和卫星生物接触不知所措，在对方没有显示出任何敌意的情况下准备和外星生物开战。由于担心外星生物可以通过无线电追踪到地球的位置，指挥官切断了和地球的一切联系。
探险队中有有一名叫做莎拉的生物学家，她瞒着指挥官和外星生物会面，希望可以和平的解决冲突。Seraphim人的确是毫无敌意的，莎拉也得到了他们的信任。然而指挥官却不相信莎拉，认为她被Seraphim人洗了脑。指挥官最终还是和Seraphim人开战了，莎拉和Seraphim人只能选择反击。指挥官向大气中释放了一种生物战剂，杀死了所有的Seraphim人。不过莎拉和其他同情Seraphim人的队员在Seraphim人灭绝前已经被“注入”了Seraphim人所有的知识和科技。
在这些科技中有一项被称为“预见”的能力，通过这项技术Seraphim人可以看到未来发生的事情，但是他们不会做任何可以改变未来的事情，理由是不干预未来的“纯洁性”。莎拉和她的同伴们得到的是部分“预见”能力，原因只是因为人类的脑部结构和Seraphim人不一样。存活下来的探险队员依靠外星科技建立了殖民地，并且开始了扩张和传播Seraphim人“和平”的宗旨。
在第一批殖民者到达Seraphim II星120年后，地球终于从Seraphim II得到了回音。殖民地代表向地球说明了发生的一切，Seraphim人如何给了他们一些能力，又如何被探险队发狂的指挥官毁灭。Seraphim殖民地宣称认为他们是已经进化了的人类，而且愿意分享他们的知识来帮助地球人避免“即将到来的灾难”。然而作为回应，整个Seraphim II区域被隔离，殖民中心把一切力量都派到该地区，Seraphim仍然被地球视作当前最大的威胁。（这一段翻的糊里糊涂，原文是In response, the entire Seraphim II sector is quarantined and all available Colonial Command Commanders are sent in to pacify what Earth sees as its greatest threat to date.）
然而一年的时间里面，地球和隔离区周边大量的行星失去了联系，在失去联系前只从各个指挥官那里得到模糊的信息。（ Earth starts to lose contact with numerous planets bordering the Quarantine Zone, but not before getting cryptic messages from various Commanders of attacks. ）由于没有更多的信息传来，地球只能做最坏的估计。到这一年的年末，隔离区10光年内的所有殖民地都和地球失去了联系。一些战斗的图像显示入侵者使用了和殖民中心相近的武器，但是没人见过类似的设计。地球试着进行了一些三心二意的谈判，但是都以失败告终。于是所有隔离区的指挥官都接到命令摧毁该地区的“量子通道”传送门，以孤立Aeon（新的Seraphim人）。
尽管发生了以上事件，扩张的脚步并没有停滞。鼎盛时期地球宣传控制着1280个殖民地。然而殖民中心为了应付漫长边境上Cybran（“复合人”）和Aeon造成的动荡已经是疲于奔命，捉襟见肘。动荡最后变成了一场发生在各个殖民地的银河战争。殖民中心的一些野心家利用这个机会将殖民地据为己有，不再向地球效忠。Cybran的叛乱者和Aeon开始联手对付地球。
在度过5年的相对平静期后，殖民中心的9个边境殖民地遭到了猛烈的联合攻击。殖民中心承受住了初期的严重损失，挡住了Aeon的推进，但是所有反攻的努力也都失败了。双方形成了一条稳定的战线，Aeon确保了自己领地安全。
历史学家将2819年定为“无尽战争”的开始。终于殖民中心的部队最后退回到“主世界”的16个卫星上，任凭银河系的其他殖民地处于无政府状态。“量子通道”网络的大部分传送门都被各种势力为了他们自己的目的摧毁，很多仍然忠于地球的殖民地就此和地球失去了联系，不过他们的科技发展并没有停止。
在29世纪，这场战场呈献出一个新的面貌。一种单人指挥官装备投入使用，一个人仅仅携带这种装置到达一个遥远的星球，依靠所在地的能量和物质在几小时内建立起一支包括飞机，坦克，战舰的庞大的机械军团，这种装置被成为“首脑”（Supreme Commander）。整个星球在这些“首脑”和他们的机械军团的战斗中化为废墟。一种观点认为“无尽战争”将一直持续下去，因为“首脑”是不知疲倦的，而且也从未设想过会被投入到这么大的一个战场中。（because of the inexhaustible nature of these “Supreme Commanders” and the fact that they were never envisioned on such a massive scale. ）
地球帝国最后还是崩溃了，一个新的势力宣布他们会将那些被地球帝国抛弃的殖民地联合在一起，免受战火侵袭，他们自称UEF,联合地球同盟。同时Aeon也向这些殖民地提出接受其统治或者被毁灭。而Cybran关心的则是如何将更多的“复合人”从人类手中解放出来。
这场战争将如何结束。就掌握在你的手中。
看完背景故事可以得到这么几个结论
- 资源方式和TA是一样的，仍然是command开始，metal和energy两种，而且不会耗尽。
- Supreme Commander可能需要玩3遍，每个种族有一个结局而不是象SC那样一个故事串联三个种族。
- Aeon的“预见”能力是一个谜，不知道在游戏中如何实现（使用Aeon可以知道对方下面要干什么？？）
4.还是不会有太空作战，喜欢“星球大战”的还是等“家园3”吧。
5.Gamespy上面放了很多好图，有一张地图几乎就是red river的3D版，怀念啊。大家去看看Cybran的command，右手还是一个D-gun。
只有3个族？我还盼着多4、5个呢
想有更多族，等二代吧。
如果让CT做HW3，又会是个什么样子呢？嘿嘿。
可能全宇宙都是碎片。